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就在后金撤退以后，朱由检为了加紧部署围剿农民军。令洪承畴担任河南总督负责围剿河南起义军又升孙传庭为陕甘边总督负责围剿巴蜀起义军，又给湖北墨舟下达命令准备执行卢象升的拉网战略。
即洪承畴集结明军精锐由开封南下向西运动将林云起义军流窜到信阳一线直接与墨舟部队南北夹击歼灭在信阳。
陕西孙传庭方面则发起汉中之战继而攻克汉中一举配合云南沐家收复四川，为防止大西军逃窜令墨舟留一部三万兵力正面在湘西牵制大西军，其余主力则从长江西岸入重庆展开围剿，一举堵住大西的出逃之路。
此时崇祯帝打算变法，就在各部执行对大西的战略之际，朱由检召见孙承宗询问变法之事。
朱由检打算效仿商鞅，进行商鞅变法，
改革。他决定将变法推广到全国范围内。变法最大的难题就是没有一个合适的人选去执行变法。因为大明的人才都集中在陕西和湖广，这两地缺乏政治人才，所以变法的成功性不足百分之九十九。朱由检也清楚这一点。所以，他打算让孙承宗去做这件事，他相信以孙承宗的学识和才干肯定能完成这项艰巨的任务。
变法主要内容有
两项，一个是变法，一个是制裁。制裁的内容是改革，变法则是改革。变法的主要内容包括了：第一项是改革，改革就是改变官吏的阶级地位，使得阶级地位提升起来，而不再是依附于商人，商人也会依赖阶级地位而。第二项是改革，改革就是对阶级地位进行清洗。这项工作的难度比较大，毕竟官吏的级别和品级都太高了。将商人集团直接杀绝，抄了他们的财富，抽了他们的税。所谓官僚阶级就是将官员集团彻底打压，然后逐渐削弱官僚阶层。在朱由检看来，变法的最大阻碍其实并非阶级地位。而是人才，官员阶级是一个体系的基石，而人才的培养则更需要资源。所以朱由检要将官员阶级清除，同时削弱官僚阶级，以减轻官僚阶级的影响力。当初，朱由检就是利用变法打压商贾阶级，同时将官吏阶级清扫。这样做的弊端是很大的，那就是官僚阶层在变法中的作用太大了，这会影响到官场形势的稳定，会使得大明朝廷出现混乱，甚至是崩溃。不过朱由检相信以孙承宗的才华和才能，他一定可以做到。所以朱由检在孙承宗来京城之前便下令孙承宗调集兵马在京城驻扎防止叛乱。
4月，变法开始后，孙承宗带兵抄了京城的商人，
将他们手上的商铺、田产、土地等全部充公，使得京城的商人、
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